就在辽东发动攻势时，德川幕府终于屈服了。
双方在十二月二十四，签订了《明曰条约》。
条约内容为：
第一：德川幕府向大明称臣纳贡，每年进贡黄金三万两，特产若干，不少于十万两。
第二：德川幕府向山东军赔偿军费三千万两，分五年支付。
第三：德川幕府向山东商船开放曰本市场及港口，允许山东船上于任何大名通商，在曰本享有关税豁免权，幕府不得向山东商品征收任何杂税。山东军民于曰本犯罪，幕府无权进行审判及用刑，需交由山东法庭审理。
第四：德川幕府不得组建海军。
第五：北海道原属大明‘奴尔干都司’所有，幕府需在六个月内撤出北海道一切人员，大明对北海道周边渔场具有所有权，曰本不得派遣渔船捕捞渔产。
第六：设立长崎租界，允许山东军于长崎驻扎三千人以保护侨民，山东军事集团对曰本华侨具有庇护权，幕府不得在长崎驻军超过一千人，不得在九州岛驻军超过五千人。
第七：山东可在九州岛投资矿山，幕府不得阻拦。
第八：禁止与未持有山东海贸许可证的大明商船进行任何贸易。
第九：幕府不得对山东商船行动进行任何阻挠，包括搜查。
第十：鉴于以上各项内容，山东军撤出关东地区，同时促成幕府与曰本天主教徒停火协议。既曰本天主教徒退出岛原，划定天草岛为天主教徒居住地，脱离幕府统治。幕府不得再向天主教徒开战，曰本天主教徒不得再于曰本其他地区进行传教活动。此协议幕府无条件接受，若曰本天主教徒不接受此停战协议，则山东军事集团将使用武力帮助幕府剿灭曰本天主教徒。
经过一段时间的谈判，幕府在山东军的不断动作下，终于为之屈服。
因为这段时间内，山东军继续加大了对岛原古城上的曰本天主教徒的支援行为，不仅把兵马都派过去直接参战，而且还支援了许多物资。
十二月上旬，曰本天主教徒发起了一次大反攻。
这次反攻中，直接将德川幕府的十万大军打退五十里，歼灭幕府士兵两万人，并成功的占领了岛原城。
德川家光再也拖不下去了，与山东军的谈判于是便出现了退让，而山东军也将进贡的黄金五万两改成三万两，对曰本硝石、硫磺一半归属山东的条件也改为可在九州岛对矿产进行投资，也算是退让了一步，给了个台阶让德川幕府的谈判人员下。